Počkejte prosím...

Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.

Vypsané disertační práce

Integrace fenotypizačních a funkčních genomových dat

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní programy: Bioinformatics, Bioinformatika
Vedoucí práce: Vendula Novosadoivá

Anotace

Pozice bioinformatika začíná být nezbytná pro každou vědeckou skupinu. Generování velkých datasetů omických dat vede k nezbytnosti vyvíjet nové výpočetní algoritmy za použití nástrojů jako je strojové učení a umělé inteligence, které umožní zpracovat i různorodá nestrukturovaná data.Naše skupina je součástí výzkumné infrastruktury Centra pro českou fenogenomiku (CCP), podílející se na systematické anotaci myšího genomu v rámci International Mouse Phenotyping Consortium (IMPC). Vytváříme myší linie, kde je deaktivován vždy jeden gen. Tyto linie jsou následně charakterizovány pomocí standardizované fenotypizační pipeliny. Data set z každého takto testovaného zvířete obsahuje více než 700 parametrů z různých oblastí. Tyto parametry zahrnují číselná, kategorická i obrazová data. Pro vybrané linie sbíráme i metabolomická data.Cilem PhD projektu je integrace všech dat generovaných jak v našem centru, tak v rámci celého IMPC. Propojení jednotlivých parametrů a nalezení korelací a kauzalitou mezi nimi a jejich případná sémantická analýza pomůže k lepšímu pochopení daného fenotypu. Zároveň znalost o funkci daného genu umožní matematické modelovaní fenotypu u genů zahrnutých v podobných či překrývajících se regulačních sítí.

Platforma pro vysokokapacitní analýzu transkriptomu

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní programy: Bioinformatics, Bioinformatika
Vedoucí práce: RNDr. Petr Bartůněk, CSc.

Anotace

Cílem projektu je vyvinout platformu pro robustní vysokokapacitní sekvenování a bioinformatické postupy pro analýzu genové exprese v chemické biologii a při vývoji léčiv. Postupy, které jsou v současnosti používané v akademickém výzkumu a farmaceutickém vývoji, jsou limitované vysokou cenou a nízkou propustností. V rámci projektu proto vyvineme zjednodušenou a cenově dostupnou strategii přípravy a multiplexování vzorků pro vysokokapacitní transkriptomovou analýzu v 384/1536-jamkovém formátu. Vliv chemických sloučenin na transkriptom bude korelován s mechanismem jejich účinku (MoA), což umožní studium mechanismů účinku a biologických aktivit nových sloučenin. Tuto platformu bude navíc možné v kombinaci s editací genomu metodou CRISPR použít k popisu funkce genů v buňkách a organismech.

Úloha PRDM9 histonové metyltransferázy v genetické rekombinaci a rerpodukční izolaci mezi druhy

Garantující pracoviště: Ústav informatiky a chemie, Fakulta chemické technologie
Studijní programy: Bioinformatics, Bioinformatika

Anotace

Gen Prdm9 determinuje lokalizaci meiotických rekombinačních hotspotů v genomu myší, lidí a dalších savců. V naší laboratoři jsme objevili další funkci Prdm9 coby hlavního genu hybridní sterility odpovědného za neplodnost hybridů mezi blízkými druhy myší. Pro ověření Prdm9 coby prvního speciačního genů obratlovců budeme testovat různé kombinace Prdm9 alel celogenomovým mapováním PRDM9 hotspotů a jejich korelací k fenotypům fertility. Optické mapy ve velkém měřítku a mapy genomických hotspotů rekombinace budou generovány technologií Bionano optického mapování a Illumina ChIP-seq technologií. Cílem této PhD práce bude analyzovat získané datasety pomocí bioinformatických nástrojů s perspektivou získání korelací mezi mapami myší s různými fenotypy a určení klíčových komponent genomické a rekombinační struktury zásadních pro hybridní sterilitu.


VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha 2014
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum
zobrazit plnou verzi