Cílem doktorského studijního programu Chemie a technologie ochrany životního prostředí je ve spolupráci s KU Leuven (Belgie) a Ecole nationale supérieure de chimie de Rennes (Francie) připravit odborníky s hlubokými znalostmi z oblasti ochrany životního prostředí a příbuzných chemických a biochemických oborů, informatiky a matematického modelování na nejvyšší úrovni vysokoškolského vzdělávání s pokročilými teoretickými poznatky i praktickými dovednostmi. Absolventi tohoto programu se pak mohou podílet na základním i aplikovaném výzkumu na akademických pracovištích a vysokých školách, ale stejně tak se mohou zapojit do praxe v ČR i v zahraničí. Předměty doktorského studia navazují na tento základ a prohlubují znalosti v oblastech analytických metod pro sledování kvality vod, ovzduší a kontaminací půd a znalosti technologií pro výrobu pitné vody, čištění odpadních vod, zpracování kalů a pevných odpadů, odstraňování polutantů z ovzduší a dekontaminačních technologií. Důležitou částí studia je také prevence vzniku všech forem odpadů, jejich recyklace a využívání jako druhotných surovin. Studenti jsou vedeni k samostatnému komplexnímu řešení výzkumných projektů. Dalším cílem je získání základních manažerských dovedností tím, že jsou studenti součástí týmů vedených zkušenými a respektovanými odborníky, a jsou zapojeni do projektů, které tyto týmy řeší. Současně doktorandi po dobu studia vedou malý tým studentů bakalářských a magisterských studijních programů a sami předkládají návrhy vědeckých projektů do Interní grantové agentury VŠCHT Praha a stávají se jejich řešiteli.