Počkejte prosím...
Data pro 2018/2019

Základy bioinformatiky

Kredity 5
Rozsah 2 / 2 / 0
Examinace Z+Zk
Jazyk výuky čeština
Úroveň bakalářský předmět
Garant doc. Ing. Vojtěch Spiwok, Ph.D.
doc. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.
Elektronické materiály dostupné v e-learningu VŠCHT

Anotace

Tato přednáška seznámí studenty se základy bioinformatiky, což je multioborová disciplína kombinující počítačové vědy, statistiku a biologii. Bioinformatika se zabývá ukládáním, tříděním, vyhledáváním a především analýzou a interpretací rozsáhlých souborů biologických data. Mezi tato data patří např. sekvence nukleových kyselin a proteinů, jejich struktura, funkce či interakce. Studenti budou obeznámeni se základními koncepty bioinformatiky a nástroji výpočetní biologie. Na cvičeních bude pak demonstrováno použití a detaily bežně používaných online nástrojů a zdrojů.

Sylabus

1. Genomika, mapování a sekvenování genomu, projekt lidského genomu
2. Párové zarovnávání sekvencí - homologie a podobnost, základní principy zarovnávání
3. Párové zarovnávání sekvencí - skórování, substituční matice PAM a BLOSUM, bodový graf
4. Prohledávání sekvenčních databází, BLAST
5. Násobné zarovnávání sekvencí - skórování a konstrukce
6. Pozičně specifické substituční matice, profily a skryté Markovovy modely, PSI-BLAST
7. Molekulární fylogenetická analýza - molekulární evoluce, fylogenetické stromy, evoluční modely
8. Molekulární fylogenetická analýza - metody konstrukce fylogenetických stromů, vyhodnocování kvality fylogenetických stromů
9. Detekce genů v eukaryotech a prokaryotech, predikce intronů a exonů
10. DNA čipy, analýza genové exprese
11. Struktury biomakromolekul - Protein Databank, klasifikace proteinových struktur - SCOP a CATH
12. Predikce sekundární struktury proteinů ze sekvence
13. Predikce terciární struktury proteinů - homologní modelování, threading, ab initio predikce, CASP
14. Struktura RNA a její predikce

Literatura

Z:F. Cvrčková, Úvod do praktické bioinformatiky, Academia Praha 2006, ISBN 8020013601
Z:J. Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press 2006, ISBN 0521600820
D:J.-M. Claverie, C. Notredame, Bioinformatics For Dummies, For Dummies 2006, ISBN 0470089857
D:M. Zvelebil, J. Baum, Understanding Bioinformatics, Garland Science 2007, ISBN 0815340249

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha 2014
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum
zobrazit plnou verzi