Kredity	3
Rozsah	2 / 0 / 0
Examinace	Zk
Jazyk výuky	čeština
Úroveň	magisterský předmět
Garant	RNDr. Jiří Vondrášek, CSc.
Elektronické materiály	dostupné v e-learningu VŠCHT

Předmět se zaměřuje na vysvětlení základních konceptů určujících interakce mezi biologicky zajímavými molekulami, jako jsou např. proteiny, nukleové kyseliny či malé ligandy. V rámci předmětu budou vysvětleny základní principy působení nekovalentních interakcí v biomolekulách. Budou probrány metody popisu těchto interakcí, jako jsou např. fenomenologické potenciály a jejich aplikace při dokování. Dále studenti získají znalosti o fungování a počítačovém návrhu protein-protein, protein-NA či protein-ligand interakcí.

1. Interakce biomolekul - základní koncepty
2. Kvarterní struktura proteinů a její modelování
3. Interakce proteinů a nukleových kyselin
4. Energetická interakční hyperplocha a její konstrukce
5. Dokovací algoritmy I - principy
6. Dokovací algoritmy II - přehled
7. Dokovací protokoly
8. CAPRI
9. Protein Structure Initiative a výpočetní proteomika
10. Návrh protein-protein interakcí
11. Cílené zvýšení afinity biomolekul
12. Racionální návrhy regulace specificity
13. Interactome
14. Konstrucke interakčních sítí

Z: Jin Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press 2006, ISBN: 978-0-521-60082-8
Z: Peter Schuck (ed.), Protein Interactions, Springer 2007, ISBN: 0-387-35965-6