Počkejte prosím...
Data pro 2018/2019

Systémová biologie

Kredity 3
Rozsah 2 / 0 / 0
Examinace Zk
Jazyk výuky čeština
Úroveň magisterský předmět
Garant Mgr. Michal Kolář, Ph.D.
Elektronické materiály dostupné v e-learningu VŠCHT

Anotace

Cílem přednášky je poskytnout první vhled do systémové biologie. Zaměříme se především na strukturu regulačních sítí, jejich globální vlastnosti a nabohacení regulačních motivů. Na skutečných příkladech prostudujeme často se opakující motivy, vysvětlíme si jejich funkci a důvody, proč jsou evolučně zachovávány.

Sylabus

1. Jak buňky vnímají svět, Regulační sítě.
2. Transkripční sítě a jejich vlastnosti. Síťové motivy.
3. Autoregulace: SOS DNA opravný systém v E. coli.
4. Koherentní feed-forward loop: Ochrana proti náhodným fluktuacím. Arabinózový systém v E. coli.
5. Nekoherentní feed-forward loop: Rychlá odpověď na změnu prostředí. Galaktózový systém v E. coli.
6. Regulační sítě v embryonálním vývoji: Bistabilní přepínač. Sonic Hedgehog a vývoj končetin u obratlovců.
7. Neuronální sítě: Mnohovrstevný perceptron v C. elegans.
8. Další síťové motivy a globální struktura regulačních sítí. Zadání úkolů.
9. Robustnost proteinových obvodů: Chemotaxe E. coli.
10. Robustnost v embryonálním vývoji: článkování octomilky D. melanogaster.
11. Kinetic proofreading: Rozeznání antigenu T buňkou.
12. Optimálnost genových obvodů, vztah k biologické zdatnosti: LacZ protein v E. coli.
13. Optimálnost genových obvodů, pravidlo poptávky.
14. Prezentace úkolů.

Literatura

Z: Alon U, An introduction to systems biology. Design principles of biological circuits, Chapman & Hall/CRC 2007, ISBN: 978-1584886426
Z: Klipp E, Liebermeister W, Wierling C, Kowald A, Lehrach H, Herwig R, Systems Biology: A textbook, Wiley-VCH Verlag 2009, 978-3527318742

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha 2014
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum
zobrazit plnou verzi