Počkejte prosím...
Data pro 2018/2019

Analýza genové exprese

Kredity 4
Rozsah 2 / 1 / 0
Examinace Z+Zk
Jazyk výuky čeština
Úroveň magisterský předmět
Garant Mgr. Michal Kolář, Ph.D.
Ing. Hynek Strnad, Ph.D.
Elektronické materiály dostupné v e-learningu VŠCHT

Anotace

Tato přednáška seznámí studenty se základními typy funkčně genetických dat. K nim patří především data získaná kvantifikací specifických nukleových kyselin polymerázovou řetězovou reakcí (RT-qPCR), data z profilování na DNA čipech a data získaná pomocí vysoce výkonného sekvenování. Studenti se naučí data předzpracovat očištěním od technologických artefaktů a převedením do standardizovaného tvaru. Dále budou studenti obeznámeni se specifickými metodami explorativní analýzy dat a statistickými metodami používanými při zpracování mnohorozměrných genomických dat. S použitím genových ontologií se studenti naučí získané výsledky biologicky interpretovat. Studenti budou také seznámeni se způsoby vizualizace a archivace dat. Na cvičeních budou studenti prohlubovat získané znalosti na skutečných příkladech a naučí se ovládat běžně používané analytické nástroje a zdroje.

Sylabus

1. Úvod. Druhy funkčně genetických dat. Cíle analýz.
2. Předzpracování RT-qPCR dat: Design primerů a prób. Standardní křivka.
3. Předzpracování RT-qPCR dat: Amplifikační křivka. Prahový cyklus. Korekce pozadí. Normalizace dat.
4. Předzpracování dat z transkripčních čipů: Odstranění šumu na pozadí. Normalizace dat. Relativní a absolutní kvantifikace.
5. Předzpracování dat z transkripčních čipů: Stabilizace rozptylu. Sumarizace intenzitních hodnot.
6. Vysoce výkonné sekvenování: Čtení. Mapování čtení. Četnosti čtení.
7. Další aplikace diskutovaných metodik: analýza jednonukleotidových polymorfismů a chromosomálních aberací (SNP, CNV, LOH). Metylace DNA.
8. Explorativní analýza: Redukce dimenzionality. Shlukování. Kontrolní body.
9. Lineární modely. Problém mnohonásobnosti testů.
10. Klasifikační metody.
11. Design experimentu a využití randomizace. Replikace.
12. Anotace a archivace výsledků: Genomové prohlížeče a databáze expresních dat.
13. Biologická interpretace: Analýza nabohacení v genových skupinách (GSEA). Databáze signálních drah. Genové ontologie.
14. Integrace s interakčními daty: Síťové analýzy. Databáze interakčních dat.

Literatura

Z: Zvárová J, Mazura I (eds.), Metody molekulární biologie a bioinformatiky, Karolinum, Praha 2013, ISBN: 978-8024621500
D: Tevfik Dorak, M. (ed.), Real-time PCR (Advanced Methods), Taylor & Francis 2006, ISBN: 978-0415377348
D: Gentleman R, Carey V, Huber W, Irizarry R, Dudoit S (eds.), Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor, Springer 2005, ISBN: 978-0387251462

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha 2014
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum
zobrazit plnou verzi