Počkejte prosím...
Data pro 2018/2019

Případové studie z bioinformatiky

Kredity 3
Rozsah 2 / 0 / 0
Examinace Zk
Jazyk výuky čeština
Úroveň magisterský předmět
Garant Mgr. Jan Pačes, Ph.D.
Elektronické materiály dostupné v e-learningu VŠCHT

Anotace

Shrnující předmět, který postaví získané znalosti a dovednosti do patřičných souvislostí. Na zdokumentovaných dobře provedených experimentech budou přednášející demonstrovat využití jednotlivých metod a přístupů, které byly součástí předešlých předmětů a diskutovat efektivitu jednotlivých řešení.

Sylabus

1. Úvod
2. Assembly bakteriálního genomu - Achromobacter
3. Eukaryotický genomový projekt I - Mastigamoeba, sestavení z 454, Illumina a PacBio sekvencí
4. Eukaryotický genomový projekt II - repetice a jiné problémové úseky, evaluace sestavení
5. Eukaryotický genomový projekt III - predikce genů, anotace
6. RNA-Seq na známém genomu, expresní analýza
7. Explorativní RNA-Seq neznámých genomů - Cobitis
8. Expresní analýza nádorových tkání pomocí mikročipů
9. Metagenomika, analýza polutované spodní vody
10. Fylogenetická analýza epidemie SARS
11. Komparativní genomika, Burkholderia
12. Epigenetická analýza, melanomy
13. ENSEMBLE api
14. Genotypová analýza, porfýrie

Literatura

Z: Rodriguez-Ezpeleta N., Hackenberg M., Aransay A. M. (Eds.), Bioinformatics for High Throughput Sequencing, Springer 2012, ISBN 978-1-4614-0781-2
Z: Cristianini N., Hahn W., Introduction to Computational Genomics. A case studies approach, Cambridge University Press 2012, ISBN: 978-0-521-67191-0
D: Brown S. M. (Ed.), Next-Generation DNA Sequencing Informatics, Cold Spring Harbor Laboratory Press 2012, ISBN: 978-1-936113-87-3
D: Hahne F., Huber W., Gentleman R., Falcon S., Bioconductor Case Studies, Springer 2008, ISBN: 978-0-387-77240-0

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha 2014
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum
zobrazit plnou verzi