Počkejte prosím...
Data pro 2018/2019

Počítačový návrh léčiv

Kredity 5
Rozsah 2 / 2 / 0
Examinace Z+Zk
Jazyk výuky čeština
Úroveň magisterský předmět
Garant doc. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.
Elektronické materiály dostupné v e-learningu VŠCHT

Anotace

Cílem předmětu je seznámit studenty se základními principy a metodami molekulární informatiky a cheminformatiky, které se zabývají ukládáním a analyzováním vztahů mezi malými molekulami a biomolekulami. Studenti budou též obeznámeni se základními koncepty příbuzného oboru počítačového návrhu léčiv. Přednášená témata pokrývají např. oblasti vyhodnocování podobnosti mezi molekulami a konstrukce chemických knihoven, predikce biologické aktivity ze struktury, virtuální testování biologické akivity či predikce farmakokinetických a toxikologických vlastností sloučenin.

Sylabus

1. Co je molekulární informatika, základní koncepty. Molekulární informatika, chemoinformatika a počítačový návrh léčiv. Vztah mezi molekulární informatikou, chemoinformatikou a bioinformatikou, jejich synergie a rozdíly.
2. Reprezentace a manipulace s dvourozměrnými molekulárními strukturami. Lineární notace zápisu chemických struktur (SMILES, InChI, InChIKey). Přenositelné formáty pro popis chemických struktur (SDF, rodina CTFile).
3. Strukturní a podstrukturní vyhledávání, praktické aspekty strukturního prohledávání.
4. Molekulové deskriptory vypočtené z 2D a 3D reprezentace molekuly.
5. Molekulové podobnostní metody - podobnost založená na 2D otiscích, podobnostní koeficienty, 3D podobnost.
6. Klasifikace a výběr sloučenin. Kombinatorická chemie a návrh chemických knihoven - diverzní a fokusované knihovny, multi-objektivní návrh.
7. Virtuální screening. Farmakofory - metody jejich získávání a jejich použití ve virtuálním screeningu.
8. Prediktivní QSAR (vztah mezi strukturou aktivitou) modelování - obecný postup a příprava dat.
9. Prediktivní QSAR modelování - vývoj a validace QSAR modelů.
10. Analýza dat z testování s vysokou propustností.
11. Predikce farmakokinetických(ADME/Tox) vlastností.
12. Počítačem řízený návrh molekul - inverzní a de novo návrh.
13. Chemoinformatický software a databázové technologie.
14. Integrované chemo- a bioinformatické přístupy ve virtuálním screeningu a počítačovém návrhu léčiv.

Literatura

Z: Leach A. R., An Introduction to Chemoinformatics, Springer, 2007, ISBN 1402062907
Z: Bunin B. A., Siesel B., Morales G., Bajorath J., Chemoinformatics: Theory, Practice, & Products, Springer, 2010, ISBN 9048172500

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha 2014
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum
zobrazit plnou verzi