Počkejte prosím...
Data pro 2018/2019

Metody biomolekulárního modelování

Kredity 4
Rozsah 2 / 1 / 0
Examinace Z+Zk
Jazyk výuky čeština
Úroveň magisterský předmět
Garant doc.Ing. Filip Lankaš, Ph.D.

Anotace

Přednáška je zaměřena na počítačové modelování biologických makromolekul (nukleových kyselin a proteinů) a jejich interakcí. S rostoucí výkonností počítačů a vývojem nových algoritmů roste i význam počítačového modelování, které dnes tvoří nedílnou součást výzkumu v molekulární biologii, genetice a biochemii. V přednášce se nejprve probírá důkladnější úvod do teorie pravděpodobnosti a náhodných (stochastických) procesů, který má širší použití i mimo obor biomolekulárního modelování. Teoretické poznatky jsou pak využity k formulaci důležité simulační metody, brownovské dynamiky. Následují ukázky aplikací z oblasti interakcí proteinů s ligandy a dynamiky biomolekulárních komplexů v buňce. Cvičení zahrnují jak teoretické úlohy, tak i jednoduché výpočty, které si studenti sami naprogramují.

Sylabus

1. Úvod. Délkové a časové škály v biomolekulárním modelování
2. Pravděpodobnost
3. Náhodné veličiny
4. Charakteristiky náhodných veličin
5. Rozdělení pravděpodobnosti
6. Normální rozdělení
7. Náhodné procesy
8. Langevinova rovnice
9. Brownův pohyb
10. Simulace brownovské dynamiky
11. Aplikace I: Difuzně řízená vazba ligandu na protein
12. Aplikace II: Dynamika nukleosomu a chromatinového vlákna
13. Aplikace III: Pohyb a interakce biomolekul v buňce

Literatura

Z: T. Schlick, Molecular Modeling and Simulation, Springer 2002
D: D. Frenkel, B. Smit, Understanding Molecular Simulation, Academic Press 2002
D: J. Šponer, F. Lankaš (eds.), Computational Studies of RNA and DNA, Springer 2006

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha 2014
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum
zobrazit plnou verzi