Počkejte prosím...
Data pro 2018/2019

Seminář oboru I

Kredity 2
Rozsah 0 / 2 / 0
Examinace KZ
Jazyk výuky čeština
Úroveň magisterský předmět
Garant prof. Ing. Pavel Kotrba, Ph.D.
Ing. Tereza Leonhardt, Ph.D.
Ing. Jiří Šantrůček, Ph.D.

Anotace

Tento předmět naplňuje tři cíle: seznamuje studenty se základními bioinformatickými přístupy a nástroji pro analýzy nukleotidových a proteinových sekvencí a se zásadami kritické interpretace získaných výstupů; poskytuje přehled možností využití získaných informací pro řešení experimentálního úkolu a zároveň poskytuje detailnější vhled do praktických aspektů souvisejících metod molekulární biologie a proteomiky, jejichž teoretické základy si posluchači osvojovali v předchozím studiu.

Sylabus

1. Bioinformatika, platformy pro získávání informací a vzájemná propojení databází.
2. Databáze a programy pro analýzy sekvencí nukleových kyselin.
3. Predikce funkce genu, promotoru a regulačních elementů.
4. Návrh a praktické aspekty provedení PCR.
5. Centrální dogma naruby - strategie izolace kódující sekvence.
6. Praktické aspekty a volba metod analýzy DNA a DNA vazebných proteinů.
7. Praktické aspekty a volba metod analýzy RNA a porovnání hladin transkriptů genů.
8. Proteomické servery a databáze. Nástroje pro porovnání sekvencí proteinů.
9. Předpověď modifikací proteinů in silico a experimentální ověření predikce.
10. Sekundární struktura a hydrofobní profil proteinu. Predikce a experimentální ověření.
11. Kvartérní struktura proteinu a oligomerizační stav. Predikce a experimentální ověření.
12. Membránové proteiny. Určení lokalizace proteinu v biologické membráně, povrchové vlastnosti proteinů a detergentů.
13. Nativní stav proteinu. Lokalizace a interakce proteinu v buňce.
14. Práce s proteiny v laboratoři. Uchovávání a příprava vzorků pro běžné analýzy.

Literatura

Z: Cvrčková F., Úvod do praktické bioinformatiky, Academia, 2006, 8020013601
D: Campbel A.M., Heyer L.J., Discovering genomics, proteomics and bioinformatics, CSHL Press, 0805347224
D: Wilkins M., et al., ed., Proteome Research: New Frontiers in Functional Genomics , Springer-Verlag, 1997, 3540627537

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha 2014
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum
zobrazit plnou verzi