studuj.vscht.cz
Data pro 2018/2019
Strukturní bioinformatika
| Kredity | 3 |
| Rozsah | 2 / 0 / 0 |
| Examinace | Zk |
| Jazyk výuky | čeština |
| Úroveň | magisterský předmět |
| Garant |
doc. Ing. Vojtěch Spiwok, Ph.D. |
Anotace
Předmět je zaměřen na pochopení a praktické procvičení počítačových metod pro předpověď struktur proteinů, jejich komplexů s nízkomolekulárními ligandy a pro studium jejich dynamiky. Předmět navazuje na základy bioinformatiky a strukturní biologie a prakticky je rozvíjí. Získané dovednosti poslouží studentům v další praxi v biochemickém a farmaceutickém výzkumu a vývoji.
Sylabus
1. Struktura proteinů a dalších biomolekul, zápis struktury
2. Práce s programy v prostředí UNIX, secure shell
3. Predikce struktur proteinů - homologní modelování
4. Predikce struktur proteinů - složitější příklady
5. Protein-ligand docking
6. Virtuální screening ligandů
7. Protein-protein docking
8. Simulace molekulové dynamiky proteinů
9. Silová pole - nestandardní záležitosti
10. Simulace molekulové dynamiky nukleových kyselin a sacharidů
11. Urychlování - metadynamika
12. Urychlování - paralelní temperování
13. Simulace sbalování proteinů
14. Ostatní metody používané ve strukturní bioinformatice
2. Práce s programy v prostředí UNIX, secure shell
3. Predikce struktur proteinů - homologní modelování
4. Predikce struktur proteinů - složitější příklady
5. Protein-ligand docking
6. Virtuální screening ligandů
7. Protein-protein docking
8. Simulace molekulové dynamiky proteinů
9. Silová pole - nestandardní záležitosti
10. Simulace molekulové dynamiky nukleových kyselin a sacharidů
11. Urychlování - metadynamika
12. Urychlování - paralelní temperování
13. Simulace sbalování proteinů
14. Ostatní metody používané ve strukturní bioinformatice
Literatura
Z:Eswar N., Eramian D., Webb B., Shen M.Y., Sali A.: Protein structure modeling with MODELLER. Methods Mol. Biol. 426, 145-159, 2008 (http://salilab.org/pdf/Eswar_MethodsMolBiol_2008.pdf, 8.11.2012, ISSN: 1064-3745)
Z:Yuriev E., Agostino M., Ramsland P.A.: Challenges and advances in computational docking: 2009 in review. J. Mol. Recognit. 24, 149-164 (2011), ISSN: 1099-1352.
Z:Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl. GROMACS user manual, Version 4.5.4. The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology and Uppsala University, Sweden (http://www.gromacs.org/@api/deki/files/152/=manual-4.5.4.pdf, 8.1.2012, bez ISBN)
Z:Yuriev E., Agostino M., Ramsland P.A.: Challenges and advances in computational docking: 2009 in review. J. Mol. Recognit. 24, 149-164 (2011), ISSN: 1099-1352.
Z:Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl. GROMACS user manual, Version 4.5.4. The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology and Uppsala University, Sweden (http://www.gromacs.org/@api/deki/files/152/=manual-4.5.4.pdf, 8.1.2012, bez ISBN)