Počkejte prosím...
Data pro 2018/2019

Molekulové modelování

Kredity 3
Rozsah 2 / 0 / 0
Examinace Zk
Jazyk výuky čeština
Úroveň magisterský předmět
Garant Ing. Filip Lankaš, Ph.D.
doc. Dr. Ing. Ivan Raich
doc. Ing. Vojtěch Spiwok, Ph.D.

Anotace

Předmět představuje teoretické základy a praktické ukázky použití metod počítačového studia molekulárních systémů, konkrétně metod molekulové a kvantové mechaniky. Z hlediska studovaných systému je zahrnuto jak studium malých molekul, tak i biomolekul a nadmolekulárních systémů.

Sylabus

1. 3D geometrie, kartézské souřadnice, Z-matice, konektivita, PDB soubor
2. Inspekce 3D modelu, vazebné délky, úhly, torzní úhly, rendering
3. Vztah struktura-potenciální energie, různé úrovně výpočtu, hyperplocha potenciální energie
4. Molekulová mechanika, kuličkový model, single point výpočet
5. Schrödingerova rovnice, vlnová funkce, aproximativní řešení, metody (též semiempirika), variační metoda, báze
6. Výpočty vlastností (náboje, reakční kinetiky a mechanismy, spektrální a chiroptické vlastnosti)
7. Geometrická optimalizace, problém lokálních minim
8. Molekulární vibrace, normální módy
9. Solvatace, implicitní a explicitní rozpouštědlo, elektrostatika kontinua
10. Molekulová dynamika, PBC, NPT, NVT, termostaty, constraints
11. Snímkování, sběr dat, zpracování a vizualizace dat
12. Simulace na různých škálách (coarse graining, brownovské simulace)
13. Volná energie, metadynamika a ostatní metody,
14. Ukázková studie

Literatura

Z: D.C. Young: Computational Chemistry: A Practical Guide for Applying Techniques to Real World Problems. John Wiley & Sons, Inc., 2002, ISBN: 9780471333685 (tištěná), 9780471220657 (online)

VŠCHT Praha
Technická 5
166 28 Praha 6 – Dejvice
IČO: 60461373
DIČ: CZ60461373

Datová schránka: sp4j9ch

Copyright VŠCHT Praha 2014
Za informace odpovídá Oddělení komunikace, technický správce Výpočetní centrum
zobrazit plnou verzi