Velkou část své profesní dráhy zasvětil Jan Vlachý oblasti financí, která pro něj vždy představovala především tvůrčí řešení širokého spektra interdisciplinárních problémů, ať už se jí věnoval v řídících pozicích, v projektech nebo na akademické půdě. Tento svůj přístup a bohaté zkušenosti se snaží zprostředkovat i studentům. Jeho vědeckou a publikační činnost také často charakterizují mezioborové přesahy, od analýz nákladů životního cyklu produktů, přes finanční modelování a oceňování v podmínkách nejistoty, až po vybrané otázky historie financí a mezinárodního obchodu. Dalším jeho zájmem je internacionalizace, kterou považuje za nedílnou součást tvůrčí činnosti i vysokoškolského vzdělávání. Podílí se na mezinárodních projektech, vyučuje na zahraničních univerzitách a v ekonomických programech VŠCHT se stará o rozšiřování příležitostí pro studium v cizím jazyce, včetně společných studijních programů.