Jiří Novotný
Bioinformatik a datový inženýr v Immunai
Již odmala mě zajímala výpočetní technika a na gymnáziu mi bylo jasné, že moje cesta povede skrze technickou VŠ. Na gymnáziu jsem také zkoušel první kroky v programování, což mě v tu dobu nesmírně bavilo, ačkoliv se skutečným programováním to mělo pramálo společného. Ve čtvrtém ročníku nastal čas volby na jakou VŠ podat přihlášku. První volba byla jasná – ČVUT FIT – ale pro jistotu také VŠCHT, kde nejsou přijímačky. Tam mě totiž zaujal celkem netypický obor nazvaný Softwarové inženýrství pro chemické aplikace. Později jsem měl v ruce dopis o přijetí na ČVUT FIT, ale řekl jsem si, že programátorů je sice nedostatek, ale těch co rozumí chemii a dalším přírodním vědám je ještě méně, a vydal se směr VŠCHT (to se psal rok 2012).
Bakalářské studium bylo podobné ostatním oborům na VŠCHT, tj. společný základ říznutý specializovanými předměty, v mém případě programováním, správou operačních systémů, algoritmy apod. Dokonce jsem odchodil i dvoje laboratoře, což byl můj poslední praktický kontakt s nimi. Nicméně stejně mě nejvíc bavily specializované předměty, již v tu dobu kvalitně zpracované a hlavně je učili příjemní lidé. Navíc, a já to vlastně považuji za výhodu, nás od začátku bylo na oboru (resp. v kruhu) doslova pět a půl, takže výuka specializovaných předmětů byla velmi komorní a s osobním přístupem vyučujícího. Jinak obecně studium asi bylo náročné, protože někdy během druhého ročníku jsem zjistil, že jsem v kruhu zbyl sám, protože spolužáci jaksi nezvládli některé povinné předměty. Z té doby si pamatuji, že jsem na náš oborový předmět Databáze docházel sám a měl exkluzivní přednášky mezi čtyřma očima.
Ve třetím ročníku opět nastal čas, kam podat přihlášku, tentokrát na magisterské studium. Většina oborů na VŠCHT pokrývá bakalářské, magisterské a někdy i doktorské studium, ale v tomto případě obor nadobro končil a já měl vlastně být poslední absolvent. Naštěstí se zároveň otvíral obor nový, částečně odvozený od tohoto, nazvaný Bioinformatika a chemická informatika. Bioinformatika pro mě v tu dobu bylo neznámé slovo, ale po přečtení studijního programu a profilu absolventa jsem neváhal a na magisterské studium tohoto oboru nastoupil. Bioinformatika totiž spojovala něco, co mě bavilo – programování a analýzu dat, oboje aplikované v biologii, medicíně, či klinickém výzkumu.
Oproti bakalářskému studiu mě magisterské studium bavilo v mnohem širší škále předmětů. To bylo hlavně dáno tím, že Bioinformatika a chemická informatika se částečně vyučuje na ČVUT FIT (např. předměty týkající se strojového učení a vytěžování znalostí z dat) a také proto, že některé předměty vyučují aktivní vědci z různých ústavů akademie věd ČR (např. Jan Pačes z Ústavu molekulární genetiky, který mimo jiné velmi dobře popularizuje vědu v různých médiích). Ačkoliv se moje diplomová práce týkala softwaru pro chemoinformatiku (strojová extrakce chemických názvů a vzorců z textu a obrázků), tak mě stejně nejvíce zaujal bioinformatický předmět Analýza genové exprese. Velkou míru v tom sehrál jeho nesmírně dobrý a sympatický vyučující, Michal Kolář z Ústavu molekulární genetiky, ke kterému jsem později nastoupil na doktorské studium.
Během doktorátu jsem začal dělat skutečnou bioinformatiku, zejména v oblasti transkriptomiky, která pomocí (nepřímé) sekvenace RNA dokáže kvantifikovat, které geny jsou v organismu aktivně transkribovány, a jsou tedy nějakým způsobem aktivní. Zde jsem měl možnost spolupracovat na velmi zajímavých projektech a zejména začít s analýzou dat z průlomové technologie single-cell RNA-seq, která umožňuje kvantifikaci genové exprese na úrovni jednotlivých buněk. Z toho je pak možné vyvodit, jaké buněčné typy daný vzorek obsahuje, případně jak se jeden určitý buněčný typ liší mezi vzorky (např. mezi normální a nádorovou tkání). Single-cell RNA-seq se stal ústředním tématem mé dizertační práce, a to z hlediska experimentální biologie i vývoje softwaru. Celkově mi toho doktorát hodně dal a posunul mě dál v bioinformatice, obecně v informačních technologiích (programování, práce pod GNU/Linux systémy, praktické aspekty vývoje softwaru, …), a také v soft-skills, zejména v prezentačních dovednostech a angličtině. A co je hlavní, toto vše mi také dalo velmi dobrou pozici, když jsem se rozhodoval, co dál po doktorátu.
Takže teď něco o bioinformatikovi/bioinformatičce a jeho/jejím uplatnění na trhu práce, komerčním i tom akademickém. Jak asi víme, tak obecná poptávka po vývojářích a datových specialistech dalece přesahuje nabídku, a bioinformatik se většinou se svými znalostmi klidně může o tyto pozice ucházet. Nicméně v bioinformatice samotné je situace ze strany poptávky ještě o něco horší (čili lepší pro absolventy). Jinými slovy, je zoufalý nedostatek bioinformatiků a každá firma v této oblasti či většina akademických laboratoří a ústavů se o ně doslova pere. Takže pokud byste se ptali k čemu je obor Bioinformatika dobrý, tak vám minimálně zaručí jisté zaměstnání. Vzhledem k množsví dat, které dnešní experimentální biologie a klinická medicína produkují a které se nestíhají zpracovávat, si myslím, že poptávka po bioinformaticích jen tak neklesne.
Já sám jsem v roce 2022 nastoupil na částečný úvazek do Oddělení lékařské genetiky ve Fakultní nemocnici Ostrava, kde doteď působím právě jako bioinformatik. Toto je trochu jiné prostředí než výzkum či průmysl, protože člověk tu pracuje s daty od reálných pacientů a ve výsledku může mít vliv na to, že u pacientů dojde k včasné diagnostice (např. u vzácných onemocnění) či k použití vhodné protinádorové terapie.
Během doktorátu jsem byl také přímo osloven z firmy Immunai, do které jsem později nastoupil a aktuálně zde pracuji jako bioinformatik a datový inženýr. Immunai se zabývá mapováním imunitního systému na úrovni jednotlivých buněk a použitím získaných informací při vývoji a optimalizaci léčiv. Musím konstatovat, že právě zkušenosti a znalosti získané během doktorátu mi nejvíce pomohly se dostat na tuto pozici.